在 Linux 系统上安装 R 软件,可以通过几种不同的方法进行,以下是详细的步骤和说明:
通过源码编译安装 R
1、下载安装包:
使用wget
下载 R 的源码包,下载 R-3.6.2 版本:
```bash
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.2.tar.gz
```
2、解压文件:
使用tar
命令解压下载的文件:
```bash
tar -xzvf R-3.6.2.tar.gz
```
3、进入解压目录:
切换到解压后的 R 源码目录:
```bash
cd R-3.6.2
```
4、构建目录:
创建 R 的安装目录:
```bash
mkdir -p /home/work/R
```
5、配置和编译:
运行./configure
脚本,并指定安装前缀:
```bash
./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib
```
6、安装:
编译并安装 R:
```bash
make
sudo make install
```
7、配置环境变量:
编辑~/.bash_profile
文件,添加 R 的路径:
```bash
vi ~/.bash_profile
```
添加以下内容到文件末尾:
```bash
export PATH=${HOME}/R/bin:$PATH
```
使配置生效:
```bash
source ~/.bash_profile
```
8、验证安装:
在终端输入R
,如果成功进入 R 控制台,则表示安装成功。
通过包管理器安装(以 Ubuntu 为例)
1、更新软件包列表:
```bash
sudo apt update
```
2、安装 R:
使用apt
命令安装 R:
```bash
sudo apt install r-base
```
通过 Conda 安装 R
1、安装 Miniconda 或 Anaconda:
从 [Miniconda](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html) 或 [Anaconda](https://www.anaconda.com/products/individual) 官网下载并安装适合你的 Linux 发行版的版本。
2、创建虚拟环境:
打开终端,创建一个新的 Conda 环境:
```bash
conda create -n myenv r-essentials
```
3、激活虚拟环境:
激活新创建的环境:
```bash
conda activate myenv
```
4、安装 R:
在激活的环境中安装 R:
```bash
conda install r-base
```
安装 RStudio(可选)
1、下载 RStudio:
从 [RStudio 官网](https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download) 下载适用于 Linux 的 RStudio 安装包。
2、安装 RStudio:
使用dpkg
命令安装下载的.deb
文件:
```bash
sudo dpkg -i rstudio-xenial-amd64.deb
```
安装 R 包
1、使用install.packages()
:
在 R 环境中,使用以下命令安装包:
```R
install.packages("packagename")
```
2、使用BiocManager
安装 Bioconductor 包:
如果使用的是较新的 R 版本,可以使用BiocManager
:
```R
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("packagename")
```
3、本地安装包:
如果包已经下载到本地,可以使用以下命令安装:
```R
install.packages("path/to/package.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
```
卸载 R 包
1、使用remove.packages()
:
在 R 环境中,使用以下命令卸载包:
```R
remove.packages("packagename")
```
查看 R 及其包的版本
1、查看 R 版本:
在 R 环境中,使用以下命令查看 R 版本:
```R
version
```
或者:
```R
R.version
```
2、查看已安装的包及其版本:
在 R 环境中,使用以下命令查看已安装的包及其版本:
```R
installed.packages()[, c(1, 3)]
```
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