如何编写批处理文件以批量执行NGS分析？

批处理文件的编写和执行是批量进行NGS分析的重要步骤，以下是详细解释如何编写批处理文件以及如何批量执行NGS分析：

一、创建配置文件

1、示例：

   SRR1039510_1.fastq.gz    SRR1039510_2.fastq.gz
   SRR1039511_1.fastq.gz    SRR1039511_2.fastq.gz
   SRR1039512_1.fastq.gz    SRR1039512_2.fastq.gz

二、编写Shell脚本

1、基本脚本：

   #!/bin/bash
   cat $1 | while read id
   do
       arr=(${id})
       fq1=${arr[0]}
       fq2=${arr[1]}
       trim_galore -q 25 --phred33 
           --length 36 --stringency 3 --paired 
           -o ./ $fq1 $fq2
   done

这个脚本会逐行读取配置文件中的数据对，并使用trim_galore工具进行处理。

三、高级脚本（分批处理）

1、示例：

   #!/bin/bash
   number1=$2
   number2=$3
   cat $1 | while read id
   do
       if ((i%number1==number2)); then
           arr=(${id})
           fq1=${arr[1]}
           fq2=${arr[2]}
           trim_galore -q 25 --phred33 
               --length 36 --stringency 3 --paired 
               -o ./ $fq1 $fq2
       fi
       i=$((i+1))
   end for

这个脚本允许指定每批处理的文件数量，例如每次处理3个数据对。

四、提交命令

1、提交命令：

   for i in {0..2}; do nohup bash qc.sh config 3 $i > log.$i.txt 2>&1 & done

这个命令会并行提交多个任务，每个任务处理一定数量的数据对。

五、Windows批处理文件（.bat文件）

1、示例：

   @echo off
   set list="task-1-fastp.fastq-file1=asset0331:/ngs/NA12878_0.R1.fastq.gz;task-1-fastp.fastq-file2=asset0331:/ngs/NA12878_0.R2.fastq.gz" "task-1-fastp.fastq-file1=asset0331:/ngs/NA12878_0.R1.fastq.gz;task-1-fastp.fastq-file2=asset0331:/ngs/NA12878_0.R2.fastq.gz"
   health switch project ngs-project
   for %%a in (%list%) do (
       echo %%a
       health create job -y D:test
gs.yaml -i %%a
       echo/
   )
   pause

这个批处理文件会在Windows环境下批量执行NGS分析任务。

通过上述步骤，可以有效地批量执行NGS分析任务，提高工作效率。

各位小伙伴们，我刚刚为大家分享了有关批处理文件怎么写_批量执行NGS分析的知识，希望对你们有所帮助。如果您还有其他相关问题需要解决，欢迎随时提出哦！